Em uma ilha em forma de cruz, um misterioso e gigantesco robô humanóide conhecido como o "Cybuddy", selado por incontáveis eras, é descoberto nas ruínas subterrâneas. Um grupo conhecido como a "Ordem da Estrela Brilhante" inicia tentativas de remover o selo sequestrando uma garota chamada Agemaki Wako que pode ser a chave para ativar o robô. Um garoto chamado Takuto Tsunashi chega com seu próprio Cybuddy, chamado Tauburn, para resgatar Wako e assim começa uma luta para desvendar os segredos dessa avançada tecnologia e evitar um desastre.
Bakuman é a história de dois garotos do 9º ano que querem se tornar mangakás, ou criadores de mangás. Os personagens principais incluem Mashiro Moritaka, que é um desenhista, e Takagi Akito, que é um roteirista. Os primeiros capítulos alternam situações de drama adolescente com informações sobre a história do mangá e sobre os aspectos técnicos da criação dos mesmos.